বগটুই গণহত্যা ঘটনার পর থেকেই দীর্ঘদিন ধরে পলাতক ছিল মূল অভিযুক্ত লালন। উল্লেখযোগ্যভাবে,ভাদু সেখ এর ডান হাত ছিল এই লালন শেখ। ঘটনার পরেই, অগ্নিকান্ডে সেই নেতৃত্ব দিয়ে ছিল বলে অভিযোগ ওঠে। পাশাপাশি, বিভিন্ন জিজ্ঞাসাবাদে তার নামই উঠে এসেছিল। আর দীর্ঘদিন ধরে পলাতক থাকার পর অবশেষে CBI এর হাতে গ্রেফতার হলো লালন সেখ।ভাদু শেখ হত্যার ঘটনার পরে যে গনহত্যার ঘটনা ঘটে বগটুইয়ে তাতেই মূল অভিযুক্ত ছিল লালন শেখ। বলা যায় ভাদু শেখের ছায়াসঙ্গি ছিল সে। তদন্তে শুরু থেকেই যে জবানবন্দি পাওয়া যায় তাঁর সবেতেই মূল অভিযুক্ত হিসেবে উঠে আসে লালন শেখের নাম। সিবিআই-এর তরফে বগটুই হত্যা মামলায় যে চার্জশিট জমা পড়েছে সেখানেও লালন শেখকে মূল অভিযুক্ত হিসেবে দেখানো হয়।
ঘটনার পরের দিন তাঁকে দেখা গেলেও এরপর থেকেই পলাতক ছিল সে। সিবিআই-এর তরফে বার বার বিভিন্ন মাধ্যমে খোঁজ করা হয় তাঁর। সম্প্রতি কয়েকদিন ধরে এই মামলায় বেশ কয়েকজনকে গ্রেফতার করা হয়। এরপরেই বিভিন্ন সূত্র মারফত খবর পেয়ে শনিবার গ্রেফতার করা হয় লালন শেখকে।